(1) เปปไทด์ต้านจุลชีพจากแมลง: แมลงเป็นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ใหญ่ที่สุด และเปปไทด์ต้านจุลชีพที่พวกมันผลิตได้มีจำนวนมหาศาล จนถึงปัจจุบัน มีการระบุเปปไทด์ต้านจุลชีพจากแมลงมากกว่า 200 ชนิดในคำสั่งซื้อ 8 รายการ รวมถึง Lepidoptera, Diptera, Coleoptera และ Odonata; โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ยีนเปปไทด์ต้านจุลชีพ 40 ยีนได้ถูกแยกออกจากหนอนไหม (*Bombyx mori*) เพียงอย่างเดียว
(2) เปปไทด์ต้านจุลชีพของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม: Cecropin P1 เปปไทด์ต้านจุลชีพของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมถูกแยกออกจากลำไส้เล็กของหมูครั้งแรกในปี 1989 ปัจจุบันมีอย่างน้อย 18 ชนิดที่ถูกแยกได้จากหมู 30 ชนิดจากแกะ และ 30 ชนิดจากวัว
(3) เปปไทด์ต้านจุลชีพของสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ: สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำมีผิวหนังเปลือยซึ่งทำหน้าที่หลายอย่าง สารคัดหลั่งจากผิวหนังประกอบด้วยเปปไทด์ที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิดซึ่งมีฤทธิ์ทางชีวภาพที่หลากหลาย สิ่งเหล่านี้ส่วนใหญ่แสดงคุณสมบัติต้านจุลชีพ เป็นตัวแทนของรูปแบบการป้องกันตามธรรมชาติที่มีมาแต่โบราณและมีประสิทธิภาพ โดยทั่วไปจะจัดเป็นเปปไทด์ต้านจุลชีพ
(4) เปปไทด์ต้านจุลชีพจากปลา หอย และสัตว์จำพวกครัสเตเชีย: Pardaxin ซึ่งเป็นเปปไทด์ที่ตกค้างของกรดอะมิโน- 35-อะมิโน- ที่แยกได้จาก Moses Sole (*Pardachirus marmoratus*) ในปี 1986 เป็นเปปไทด์ต้านจุลชีพตัวแรกที่แยกได้จากปลาซึ่งมีโครงสร้างเป็นเกลียว - ประจุบวกที่มีลักษณะเป็นแอมฟิพาธีก การซึมผ่าน มันทำหน้าที่เป็นไอออนิกนิวโรทอกซิน และชุดของอนุพันธ์เปปไทด์ได้รับการพัฒนาซึ่งมีฤทธิ์ต้านจุลชีพที่แข็งแกร่งกว่า-และมีฤทธิ์ในการสลายเม็ดเลือดแดงต่ำกว่าเมลิตติน
(5) เปปไทด์ต้านจุลชีพจากพืช: พืชยังผลิตเปปไทด์ต้านจุลชีพที่มีโครงสร้างคล้ายกับสารป้องกันที่พบในแมลงและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม สิ่งเหล่านี้เรียกว่าการป้องกันพืช เปปไทด์ต้านจุลชีพจากพืชส่วนใหญ่ออกฤทธิ์สูงในการต่อต้านโรคพืช แม้ว่าบางชนิดยังแสดงความเป็นพิษต่อแบคทีเรียแกรม-บวกและแกรม-ลบ เชื้อรา ยีสต์ และเซลล์ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ไธโอนินเป็นเปปไทด์ต้านจุลชีพชนิดแรกที่แยกได้จากพืช
(6) เปปไทด์ต้านจุลชีพจากแบคทีเรีย: หรือที่เรียกว่าแบคเทอริโอซิน ซึ่งรวมถึงเปปไทด์ประจุบวกและเปปไทด์ที่เป็นกลาง และถูกหลั่งออกมาโดยแบคทีเรียแกรม-บวกและแกรมลบ- มีการระบุเปปไทด์ต้านจุลชีพสี่ประเภทในแบคทีเรีย: bacitracin, gramicidin S, polymyxin E และ nisin
